Durante seu período na Europa, Penido produziu 28 artigos em francês sobre temas teológicos, filosóficos e psicológicos, além de publicar cinco livros considerados relevantes, incluindo uma obra sobre a analogia e estudos acerca de Bergson. Posteriormente, já em sua trajetória no Brasil, manteve uma produção intelectual expressiva, publicando 22 artigos, principalmente em periódicos como a Revista Eclesiástica Brasileira e Verbum, e lançando sete livros que abordam os temas da Igreja e dos Sacramentos. Esse conjunto de trabalhos fundamenta o reconhecimento de Penido como um importante pensador brasileiro, cujas contribuições são destacadas pelo Cardeal Leme na literatura teológica internacional.
De acordo com D. Odilão Moura, Penido foi um discípulo dedicado de Santo Tomás de Aquino, distinguindo-se por aplicar a teologia a questões práticas em vez de limitar-se à repetição escolar. Sua abordagem pragmática evidenciou-se na busca pela relação entre a metafísica, a vida espiritual e a Liturgia. Penido entendia a Liturgia como a principal fonte da graça na Nova Aliança, antecipando conceitos posteriormente estabelecidos pelo Concílio Vaticano II, que a reconhece como “cume e fonte” da ação da Igreja.
Entre os fundamentos de seu pensamento está a doutrina da analogia. Penido demonstrou que a analogia é essencial para entender tanto a metafísica quanto a teologia especulativa, especialmente em circunstâncias onde a razão natural encontra limites perante mistérios sobrenaturais. Por meio da analogia, é possível alcançar uma compreensão mais aprofundada dos elementos da fé. Este rigor conceitual está presente em seus estudos sobre o Mistério da Igreja e o Mistério dos Sacramentos, nos quais analisa a Liturgia para além das definições tradicionais.
A obra de Odilão Moura apresenta a visão de Penido sobre a Liturgia, entendida como um conjunto de sinais sensíveis pelos quais Cristo exerce seu sacerdócio e santifica os fiéis. Sua abordagem destaca o caráter cristocêntrico, colocando o Sacerdócio de Cristo como fundamento das ações litúrgicas, que se originam desse ponto central. Pe. Penido ressalta que a Igreja possui uma natureza litúrgica e que a participação no Mistério de Cristo é o elemento que confere significado à vida cristã.
O livro de D. Odilão Moura retrata Penido como um mestre capaz de integrar filosofia contemporânea, psicologia e antropologia, fundamentando-se na Revelação. A obra oferece subsídios fundamentais para compreender a evolução da teologia brasileira, reconhecida internacionalmente pela fidelidade à tradição e pela profundidade intelectual do pensamento cristão.
